Năm 1939, một lực lượng kì là xuất hiện một cách đột ngột và tấn công nhân loại, bằng sức mạnh vượt trội chúng nhanh chóng áp đảo nhân loại và nhanh chóng chiếm đóng phần lớn lục địa nhân loại đặt tên cho kẻ thù của mình là Neuroi. Khi nhân loại tưởng chừng như đã tuyệt vọng thì một lực lượng đặc biệt được thành lập để chống lại Neuroi, những cô gái mang trong mình sức mạnh của phép thuật. Cùng với sự kết hợp của ma thuật và khoa học, lực lượng mới ciến đấu với Neuroi chính thức được thành lập với cái tên Witch.
Câu chuyện chính thức bắt đầu tại trường trung học nữ sinh Yokosuka thuoccj quận Fusou Nhật Bản.
Lúc này main chính của chúng ta, 1 thanh niên tầm khoảng 13,14 tuổi đang mang theo vẻ mặt uể oải từ phòng hiệu trưởng đi ra, đi theo sau là 1 nữ sinh trung học có mái tóc ngắn màu nâu nhạt đang dùng 2 tay ôm đầu che cục u to như quả ổi nói: "Ian sensei, thầy cốc đầu em đau quá."
Ian quay người lại lấy 2 tay véo má nữ sinh nói:" Yoshika(1) em có hiểu tiinhs nghiêm trọng của sự việc không hả? Nếu không phải thầy ở ngay gần đấy chạy ra đỡ kịp thì em đã bị thương rồi đấy, ai bảo em trèo lên chỗ cao ngất ngưởng ấy để cứu con mèo hả? Lần sau phải gọi thầy nghe chưa?."
Yoshika le lưỡi nói:" vâng vâng em biết rồi, Ian sensei nói nhiều quá. "
Ian lấy tay che mặt nói:"lần sau phải cẩn thận hơn đấy, em mà bị làm sao thì thầy biết ăn nói thế nào với mẹ em. Thôi về nhà đi."
Sau khi chia tay với Yoshika ở cổng trường Ian thò tay vào túi lấy ra 1 tờ giấy lẩm bẩm:"xem ra mọi chuyện sắp bắt đầu rồi, Miyafuji Ichiro(2) việc anh nhờ tôi chắc chắn sẽ làm được." Ánh nắng trời chiều rọi xuống tờ giấy hiện lên dòng chữ "đơn xin thôi việc."
Tối đó tại nhà Ian hiệu thuốc *** (hàng xóm nhà Yoshika). Ian vừa sắp xếp đồ đạc vừa chìm đắm trong những hồi tưởng. Đó là lúc Ian mới tới thế giới này, lúc đó Ian chỉ mới 14 tuổi, cơ thể đang bị bệnh nặng do dư chấn của xuyên không.. Lúc ấy tưởng rằng mình sẽ chết thì gia đình yoshika xuất hiện và mang về cứu giúp. Đã 10 năm kể từ ngày hôm đó và cũng đã tròn 5 năm kể từ ngày Miyafuji cha của Yoshika mất tích, mọi người đều cho là ông ta đã mất nhưng Ian thì không cho là như thế. Cách đây không lâu Ian nhận được 1 bức thư gửi từ Đức, người gửi là Miyafuji Ichiro, trong thư Ichiro có nói với Ian về dự án Witch còn nói rằng không lâu sau Yoshika cũng sẽ trở thành 1 Witch. Ichiro biết Ian không phải là 1 người bình thường vì vậy ông ấy nhờ Ian đi theo và bảo vệ cho Yoshika. Ngoài ra trong thư còn có 1 lá thư bổ nhiệm.
Ian khép rương hành lý lại nói:"tối nay người mà Ichiro nói đã tới, xem ra mai chính là ngày khởi hành rồi, Witch những cô gái sử dụng phép thuật... Hi vọng mọi người đừng làm ta thất vọng."
Ngày hôm sau trên quân hạm Akagi, Yoshika vẻ mặt ủ rũ ngồi trên boong tàu. Tối hôm qua có 1 nữ sinh tự xưng là thiếu tá Sakamoto (3) đến nhà (vụ Michiko bị ngã trong phim không xảy ra) rồi đưa cho Yoshika 1 bức thư từ cha cô. Yoshika đã quyết định đi theo Sakamoto đến Anh để tìm tung tích cha cô. Sáng nay khi Yoshika đi tìm Ian để chào tạm biệt thì không thấy đâu cả, hỏi mọi người thì không ai biết. Thậm chí khi yoshika tới trường học thì được tin Ian sensei đã xin nghỉ việc.
Lúc này thấy Yoshika ủ rũ cô gái tên Sakamoto đã trình diễn cho Yoshika thấy thiết bị Striker, thiết bị di chuyển của Witch khiến cho Witch có khả năng bay lượng. Cùng lúc đó trên đỉnh của tháp radar của không mẫu Akagi Ian 1 tay cầm hành lý 1 tay cầm táo cắn nhìn về phía Sakamoto đang trình diễn lẩm bẩm:"thiết kế cục kịch, cách di chuyển thô kệch.... Xem ra công việc sau này rất nặng đây."
(1) Yoshika Miyafuji: nữ chính của bộ Strike Witches tính cách tốt bụng hiền lành có năng lực đặc biệt là trị liệu và rất ghét chiến tranh.
(2) Ichiri Miyafuji: bố của nữ chính là 1 trong những người sáng tạo ra Striker và lực lượng Witch
(3) Sakamoto Mio:1 trong những nữ chính trong phim tính cách hào sảng thường thích cười lớn và có chấp niệm rất lớn với chiến đấu cũng như kiếm đạo có năng lực đặc biệt là ma nhãn có khả năng nhìn thấu core của Neuroi.